AENET ソルバー ============== 概要 ---- AenetSolver は、ODAT-SE の ``odatse.solver.SolverBase`` を継承したソルバークラスです。 AENET の ``predict.x`` をサブプロセスとして実行し、構造テンプレートにパラメータを代入して 原子間エネルギーを計算します。 ソルバーの仕組み ---------------- ``evaluate`` メソッドが呼ばれると、以下の処理が行われます: 1. 作業ディレクトリ ``Log{step}_{iset}/`` を作成 2. ``predict.in`` と ANN ポテンシャルファイルをコピー 3. テンプレートファイル内のプレースホルダー（例: ``value_01``）をパラメータ値で置換し、入力構造ファイルを生成 4. ``predict.x`` を実行 5. ``predict.out`` から全エネルギーと原子数を抽出 6. エネルギー/原子数（eV/atom）を R-factor として返却 ソースコード構造 ~~~~~~~~~~~~~~~~ .. code-block:: text src/AenetSolver/ __init__.py # Solver クラスのエクスポート _main.py # CLI エントリポイント (odatse.initialize + algorithm dispatch) aenet.py # Solver クラス本体 入力ファイル ------------ input.toml ~~~~~~~~~~ ODAT-SE 標準の TOML 設定ファイルです。 .. code-block:: toml [base] dimension = 1 output_dir = "output" [solver] name = "aenet" [solver.config] aenet_exec_file = "predict.x" # predict.x のパス aenet_ann_potential = "N.5t-5t.ann" # ANN ポテンシャルファイル aenet_template_file = "template.xsf" # テンプレート構造ファイル (デフォルト) aenet_input_file = "structure_data.xsf" # 生成される入力ファイル名 (デフォルト) bulk_output_file = "predict.in" # AENET 設定ファイル (デフォルト) [solver.param] string_list = ["value_01"] # テンプレート内のプレースホルダー [solver.post] remove_work_dir = false # 計算後に作業ディレクトリを削除するか [algorithm] name = "mapper" # 使用するアルゴリズム label_list = ["z"] [algorithm.param] min_list = [0.8] max_list = [1.4] num_list = [101] solver.config セクション ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. list-table:: :header-rows: 1 :widths: 30 15 55 * - パラメータ - デフォルト値 - 説明 * - ``aenet_exec_file`` - ``predict.x`` - AENET predict.x 実行ファイルのパス * - ``aenet_ann_potential`` - ``N.10t-10t.ann`` - 学習済み ANN ポテンシャルファイル * - ``aenet_template_file`` - ``template.xsf`` - 構造テンプレートファイル * - ``aenet_input_file`` - ``structure_data.xsf`` - 生成される構造入力ファイル名 * - ``bulk_output_file`` - ``predict.in`` - AENET 設定ファイル solver.param セクション ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. list-table:: :header-rows: 1 :widths: 30 15 55 * - パラメータ - デフォルト値 - 説明 * - ``string_list`` - ``["value_01", "value_02"]`` - テンプレート内で置換するプレースホルダーのリスト テンプレートファイル ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ テンプレートファイル (``template.xsf``) は XSF 形式の構造ファイルで、 最適化パラメータの位置にプレースホルダーを記述します。 .. code-block:: text ATOMS N 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 N 0.0000000000 0.0000000000 value_01 この例では ``value_01`` が N-N 結合距離に対応し、アルゴリズムによって最適化されます。 predict.in ~~~~~~~~~~ AENET 予測計算の設定ファイルです。 .. code-block:: text TYPES 1 N NETWORKS N N.5t-5t.ann FORCES FILES 1 structure_data.xsf 実行方法 -------- CLI 実行: .. code-block:: bash odatse-aenet input.toml MPI 並列実行: .. code-block:: bash mpiexec -np 4 odatse-aenet input.toml スクリプトから直接実行: .. code-block:: bash python3 src/main.py input.toml